風華学園の休校により、学園を転校することになった千絵とあおい。舞衣がいっしょに来ないことに、後ろ髪を引かれる思いをしている。舞衣はふたりに学園を出て行けない理由を語ることはなかったが、それはHiMEとしての戦いを明日で終わらせるためだった。

舞衣の部屋で最後の夜を過ごす舞衣となつき。そこに命がいないことに少し寂しげな表情を浮かべる舞衣だが、明日、命との決着をつけねればならないことを受け入れる決意をしていた。そしてなつきは、静留との決着へ思いをはせる。静留を倒せば、自分自身が消えてしまうだろうことを感じていたなつきは、舞衣と出会えたことに感謝する言葉を残し、舞衣の元から去っていくのだった。

自分の想い人はなつきだと告白した静留は、なんとかなつきを自分のものにしたい、その執念だけが彼女を突き動かしてした。一番地や奈緒、自分となつきの間を邪魔するものを次々と排除し続けてきた静留の様子は、すっかり変貌してしまっていた。

そしてそんな静留に戦いをやめさせたいなつきは、静留の前に姿を現す。静留はなつきが自分の気持ちを受け入れられないのであれば、力ずくでも自分のものにすると言い、ふたりは戦いを始める。

しかし防戦一方を強いられるなつきは、とうとう静留のエレメントに絡めとられてしまう。自分のものだと抱きつく静留に、とつぜん唇を重ねるなつき。動揺する静留に、なつきは自分の想いを話す。まわりの人間の誰をも信じられない状態で過ごしていた日々。そんな自分を唯一受け入れてくれたのが静留だったと言い、そして自分も静留が好きだと告白するのだった。

だが、HiMEとしての決着はつけなければならない。「清姫」にからみとられた状態の「デュラン」に発砲を命じるなつき。双方のチャイルドが消失すれば、互いを想い合うふたりは、ともに消失する運命にある。なつきはそれを覚悟の上で、自らHiMEとしての定めをまっとうすることを選択したのだ。やがて大きな爆発がおこり消失するチャイルド。決意の表情のなつきに対し、静留はなつきに想いを告白されたことに微笑みを浮かべ、ふたりは消えていくのだった。

一方、命と決着をつけようと図書館にきた舞衣だったが、そこで凪に捕まってしまう。地下迷宮・柱の間へと連れていかれた舞衣は、そこに立ち並ぶ想い人の柱を目にし、悲しげな表情を浮かべる。そこに、なつきたちが倒れ、立ち昇る最後の柱。すべての柱が揃い、封架の宮への道が開かれ、そこを舞衣は降りていくのだった。そしてそこで初めて、黒曜の君となった黎人と対面する。

舞衣に対し黎人は、自分の妻となり新しい世界をともに創造しようともちかける。だが、その申し出を断る舞衣。命との決着はついていないが、黒曜の君さえ倒せばHiMEの戦いを終わらせることができる。そして命と戦わずともこの戦いに終止符を打つことができると考えた舞衣は、黎人に立ち向かう。

しかし、そんな舞衣の前に命が姿を現す。やはり命とは決着をつけなければならない運命。舞衣と命、最後に勝ち残るHiMEを決める戦いが、今まさに始まろうとしていた。