次の日、風華学園では朝からこの騒動で持ちきりになっている。だが新聞やニュースでも取り上げられないことに生徒達は怪訝に思っていた。そんな学園に今度はアリッサが指揮をする装甲車、軍用トラックが大挙押し寄せる。そして兵隊たちが次々と校内に潜入し始め、校内はさらに騒然となるのだった。

そんな校内の騒ぎをよそにトイレにいた舞衣も、兵隊たちが校内にいることに気づき、びっくりする。そのうえ、訳もわからず兵隊に拘束された舞衣は、抵抗する間もなく、そのまま真白邸に連行されてしまう。

その真白邸で舞衣を待ち受けていたのはアリッサと深優。彼女たちを見た舞衣はこの事態の原因がアリッサたちであることを理解する。HiMEの力と風華学園に隠されたある場所が欲しいという理由だけでやったということを聞き愕然とする舞衣。

そして、他のHiMEの居場所を告げるよう強要され、抵抗すれば学園を破壊すると脅迫される舞衣だったが、舞衣が連行されて行く姿を目撃していた命によって助け出され、真白邸からの脱出に成功。しかし、アリッサはすぐにオーファンを召喚し、舞衣たちを追うのだった。

なんとか裏山まで逃げてきた舞衣と命だが、そこでオーファンに襲われている祐一と詩帆を発見する。彼らを連れてオーファンから逃れるものの、この騒動について祐一に問われる舞衣。すでに自分と騒動が関係していることに言い逃れができなくなった舞衣は、ついに自分がHiMEであることを告白する。

しかし、舞衣たちがいなければ、この騒動に巻き込まれなかったと詩帆に責められ言葉に詰まる舞衣。自身がHiMEになったことを被害者だと思っていた舞衣は、そんな詩帆の言葉に、自分たちのせいで学園のみんなに被害が及んでいたことに気づかされ、命の前で涙を流すのである。だが、舞衣の気持ちは次第に変化していく。戦う力があるから戦わねばならない。戦いのない生活を送るために、早くこの戦いを終わらせなくてはならないと決意を新たにするのだった。

そして、舞衣と命はアリッサの放ったオーファンと戦いながら学園に向かう。戦いの最中、舞衣たちの目の前にとつぜん現れた凪に言われ、やがて地下神殿を目指す。しかし学園へ近づくごとに、オーファンそしてシアーズの兵隊と包囲網が拡がり苦戦する舞衣たち。そんなピンチの状況になつきが合流し、なんとか包囲網を突破することができた舞衣たちは無事に地下神殿に続く、地下迷宮へと到達するのだった。

地下迷宮をゆく３人は、途中現れた黒服の男の案内で、地下水脈をボードで案内されて行く。しばらくして同じくアリッサの包囲網を逃れた紫子、奈緒、碧、雪之が合流。そして、黒曜宮といわれる場所に到着した舞衣たちの目の前には、風華学園理事長風花真白と姫野二三が待っていた。