HiMEたちがおこした今回の騒動の大きさに、なつきはすでにHiMEの存在を隠し切れないと感じていた。そんな会話をなつきと迫水が交わしているところへ、シアーズ財団のジョン・スミスという男が現れる。

シアーズ財団という名に警戒するなつきは、スミスにエレメントを突きつけるが、彼の目的はHiMEではなく、見失ってしまった深優の回収だと言う。その情報を提供するかわりに見返りを要求したなつきは、スミスから母の死の真相を教えると言われ愕然とする。

母のことを知りたいなつきは、迫水の制止を振り切り、深優の情報を提供。しかしスミスが語った内容は、なつきの母がなつきを研究材料としてシアーズ財団に売ろうとし、それが発覚したために一番地によって粛正されたというものだった。なつきはその言葉が信じられず、嘘だと口にするが、やがて一番地への復讐に費やした時間が無駄だったことを知り、激しく落ち込んでしまう。

明かされた真実により、放心状態のままバイクを走らせるなつきを、とつぜん奈緒が襲う。しかし奈緒に攻撃されてもなつきは、抵抗することなく、なすがままの状態。母のことを知り、戦う理由を失ったなつきにとって、HiME同士の戦いはもはやどうでもよかったのだ。

だが、その場になつきを助けだすため、静留が現れる。腕からエレメントを出現させる静留。静留がHiMEであることを初めて知ったなつきは驚きの表情を浮かべる。チャイルド「清姫」を呼び出した静留は、奈緒を叩きのめし、なつきを連れて立ち去るのだった。

その頃、舞衣は黎人の家にいた。巧海、命を続けて失ったショックを引きずる舞衣は、やがて黎人に今までのことをすべて打ち明ける。心のうちを話し終え、それでも悲しみに暮れる舞衣だったが、黎人は、もしその話が本当ならば、HiMEとの戦いに勝ち残れば、力が手に入るのではないか、そこに希望を見出すことができるのではないかと舞衣に語りかける。その黎人の言葉に、舞衣は徐々に気力を取り戻していった。

静留に手当てを受けたなつきは、自分が戦う理由がなくなったことを涙ながらに告白する。そんななつきに、なつきが好きだから守ると言う静留。なつきは、静留のその言葉に感謝するが、そこに隠された静留のほんとうの想いをこのときは知るよしもなかった。

HiME同士の戦いを止めることができず、エスカレートしていく状態に悩む碧は、真白に詰め寄っていた。碧に詰め寄られた真白は、戦いを終わらせるためには黒曜の君を倒す必要があり、彼が目覚めてしまう前に決着をつけようとしていた、とその思いを語る。しかしそこに一通の書状が届き、黒曜の君が目覚めたことを伝えられた真白は、もはや今さら動いても手遅れかもしれないと思いながら、黒曜の君を倒すことが自分に残された使命と考えるのだった。そして、戦いに協力するという碧を制し、一枚のカードキーを差し出す。真白は、切り札となるだろうそれを預け、自分が倒された後のことを碧に託すのだった。

やがて、真白と二三は、黒曜宮へ向かう。そこで黒曜の君の器であった黎人と対峙するふたり。彼を倒す目的でやってきたふたりは黎人に攻撃を仕掛ける。二三は黎人に向かってエレメントを振りかざすが、とつじょ現れた命に遮られてしまう。困惑しながらも、真白は目的を達するため、本来の姿を現し応戦する。だが、真白と二三は命の前に敗れてしまうのだった。