HiMEたちが繰り広げた戦いによって、風華学園の校舎は崩壊し、見るも無残な状態をさらしていた。そして、ここしばらく続いている詳細不明の事態に、学園の教師や生徒たちも身の危険を感じるようになり、退職や転校も相次いでいた。

そんななか、舞衣は花園で碧と会っていた。真白からHiMEの戦いの真実を知らされた碧は、黒曜の君を倒すことが、戦いを終わらせる唯一の方法と語る。だが、例えそれで戦いが終わっても、目の前で消えていった巧海は帰ってくることはないだろう。そんな想いだけが、今の舞衣の心を捕らえてはなさなかった。いずれにしても、戦いを続けて媛星の激突を防ぐか、黒曜の君を倒して戦いを終わらせるか、もはや戦いを始めたHiMEたちには、それしか選択肢が残されていなかった。

祐一は、学園を巻き込んだ一連の騒動で、舞衣がどうしているのか気になっていた。千絵とあおいの会話から、舞衣が授業に出ていないことやバイトを辞めたこと、巧海と命の姿を最近見なくなったことを聞かされ、それがHiMEの戦いに関係があると感じていた。そして黎人から、舞衣が学園をやめるかもしれないと聞いた祐一は、真実を知るために、舞衣の元へ走るのだった。

かつてアリッサの攻撃で破壊された橋に立つ舞衣。そこで舞衣は、自分を探しにやってきた祐一と遭遇する。そして舞衣は、真実を知りたがる祐一に、HiMEの戦いに巻き込まれた巧海は消え、巧海を消した命は自分が倒したと語る。

自分に関われば、そんな悲劇が待ちうけている。だから二度と近づかないで欲しいと冷たい態度で祐一を突き放す舞衣。祐一への想いが自分のなかにあることに気づいてしまった舞衣は、HiMEとの戦いが続くかぎり、もし自分が敗れれば、今度は祐一が自分の目の前で消えてしまう。そんな言葉を飲み込み、祐一の前から去って行くのだった。

祐一と別れた舞衣は、やがてひとつの決断を胸に学園の図書館へ向かう。舞衣の決断、それは黒曜の君の思惑に乗り、最後までHiMEとして戦う運命に従うことだった。そこで凪を見つけた舞衣は、黒曜の君にあわせて欲しいとお願いする。最後に勝ち残ったHiMEがほんとうに「力」を手に入れることができるのか、それを直接黒曜の君に確かめたいと思っていた。

黎人に言われた、その「力」で、巧海や命をひょっとしたら取り戻すことができるかもしれない。そして祐一を巻き込まずに済むかもしれない。そんな希望に近い想いが舞衣のなかに芽生えていた。

しかし凪は、HiMEとして戦う運命に従うと言った舞衣に、行動で示すよう告げる。黒曜の君に会わせるかどうかは、それ次第だと言う。そしてその刹那、真白邸から炎が立ち上がり、HiME同士の戦いが始まったことを察知する舞衣。行動で示す。その言葉を胸に、舞衣は風花邸に向かうのだった。