「黒の騎士団」を先鋒とした日本人の一斉蜂起事件「ブラックリベリオン」から1年。決戦場となったトウキョウ租界も復興し始めていた。
アッシュフォード学園に通うルルーシュ・ランペルージは体育教師ヴィレッタに補習で追い掛け回されるような日常を送りながらも、戻りつつある平穏にどこか冷めた物を感じていた。
ある日、ルルーシュはそんな日常に刺激を求め、弟、ロロと共にバベルタワーにある賭けチェスに赴く。その上空をタワーに近づく飛行船。それこそ卜部とＣ．Ｃ．が率いる黒の騎士団残存部隊、乾坤一擲のある作戦のスタートであった。