世界の1／３をその勢力下に治める巨大国家、神聖ブリタニア帝国。
「ナイトメアフレーム」と呼ばれる人型兵器を駆使した圧倒的な軍事力。
日本はブリタニアに支配され、占領地のひとつ「エリア１１」となった。
日本人は「イレヴン」と呼ばれ、自由と伝統、権利と誇りを奪われた。

そんな世界に反逆する者がいた。
仮面の男「ゼロ」をリーダーとする武装組織、黒の騎士団である。
しかし、トウキョウ租界の大決戦でゼロは姿を消した。その正体を明かすことなく――。

そして１年、ルルーシュ・ランペルージは退屈な日々を送っていた。
日常は変わらず、エリア１１における黒の騎士団の決起は、ブリタニア帝国による更なる弾圧を招いたに過ぎなかったのだ。しかし、世界は待ち望んでいた――反逆者を！ゼロが再び帝国に反逆を開始する、その日を！！

皇暦２０１８年、新たなる反逆の扉が開かれる。