バベルタワーの大混乱に乗じて黒の騎士団残存部隊は脱出に成功。さらに復活したゼロは「合衆国日本」の再建を宣言した！
それに対しブリタニア軍は捕らえていた騎士団主要メンバーの処刑を通告する。
残された時間は後わずか。しかし監視の目があるルルーシュは自由に動けない！その時ルルーシュは意外な行動にでる…。