ヴァイア艦・黒のリヴァイアスのスフィクスであるネーヤ。彼女は無垢の状態から、リヴァイアスと共に航行を続け、艦内における様々な出来事や感情を見つめてきた。 そして、今、ひとつひとつの想いを、自らで感じ理解するようになったネーヤ。喜び、不安、悲しみ、絶望。交差するあらゆる想いが、彼女の中に集約されていく。そして「死にたくない、生きていたい、あなたが好き…」という気持ちがあおいと重なり、溢れ出すのだった…。その頃地球では、下村とベルコビッチらの秘密会談が行われていた。初めて明かされるヴァイア・プロジェクトの全貌。それは、数千年後に起こると予測されている第2のゲドゥルト・フェノメーンに備え、ヴァイア生物を用いて航宙艦を建造し、その力で、惑星ごと太陽系外へ脱出しようという壮大な計画だった。
半年以上もゲドゥルトの海を単独潜行し、尚も成長し続けるリヴァイアスをベルコビッチは、未来への大きな希望だと言う。だが、乗員がスフィクスから受けるバックヤードの問題や、リヴァイアスには子供たちしか乗っていないということを、下村は突き付ける。
人々を未来へ導くための犠牲、それは致し方ないことなのか!?　急進派でありながらも、矩継は、非人道的であるこのやり方を考えずにはいられなかった。また、タンデル艇のコンラッドは、過去に自分の娘・アンジェをブラティカに奪われたことでの私怨のみで、この作戦の指揮を取っていた。そして、昴治は不安の渦巻くリヴァイアスの中で、ひとつの覚悟を決めていた。