西暦2225年、太陽フレアによる異常現象ゲドゥルト・フェノメーンにより、太陽系のほぼ全域がゲドゥルトの海に覆われた。
16歳の少年、相葉昴治は航宙資格取得のため、幼馴染みの蓬仙あおい、また不仲の弟、祐希と共に航宙士養成所リーベ・デルタに来ていた。尾瀬イクミや和泉こずえといった仲間も出来た頃、リーベ・デルタは突如制御を失い、沈下を始める。487名の少年少女たちは、隠されていた謎の外洋型航宙可潜艦リヴァイアスに乗り込み、ゲドゥルトの渦巻く宇宙へと飛び出した。
大人のいない空間は、混乱に満ちた社会の縮図だった。エリート集団ツヴァイは乱れゆく艦内を取り纏めようとする。一方、昴治は知り合ったばかりの少女、ファイナ・S・篠崎に惹かれていく。また時折出没する謎の少女、ネーヤとの遭遇。そんな中、訓練生たちは初めての窮地に追い込まれる。謎の敵艦による魚雷攻撃。救難信号は無視され、戦闘を余儀なくされるリヴァイアス。また、艦内でもエアーズ・ブルーによる新たな体制が敷かれ、状況は著しく変化する。青のインプルス、深紅のディカスティアといった同型艦による強力な攻撃。閉鎖された空間は訓練生たちの心を蝕み、歪み行く秩序に誰もが流されていた。
そして起こるこずえへの暴行事件。イクミはこれにより激変する。ヴァイタル・ガーダーの占拠と共に「恐怖」によって艦内を支配し、全ての争い事を禁じる。その矛盾した考えに昴治は、いま自分に出来ることは考え、恋人となったあおいを連れ、ある行動に出る。遂に最強の敵、灰のゲシュペンストが現れ、その猛攻撃にリヴァイアスは苦戦を強いられる。ネーヤとマーヤの対決。そして、瀕死状態の昴治は暴走するイクミに言う。「投降しよう」と。泣き崩れるイクミ。支える昴治。8ヵ月に渡る長い旅路に幕が下りた。
そして月日は流れ、昴治たちを乗せたリヴァイアスは、再び宇宙に出発した。遠い未来と明日のために。