人とロボットが共存し、豊かな生活を送る理想郷、未来都市ネオトピア。
だが、今、その平和が破られようとしていた……。

ある日突然、次元を超えて侵攻してきた“ダークアクシズ”。
進化したロボット生命体である彼らは、
人や動物を石に変え、様々なロボットやシステムを略奪せんとしていた。

その恐るべきダークアクシズと秘密裏に戦うのは、
正義の戦闘部隊“ガンダムフォース”！
ネオトピアの最新鋭戦闘ロボット・キャプテンガンダム。
ダークアクシズの侵攻を受けたラクロアの騎士ガンダム・翼の騎士ゼロ。
同じく、侵攻を受けつつある武者世界・天宮から来た武者頑駄無・爆熱丸。
そして……
キャプテンガンダムのさらなる能力を目覚めさせた少年シュウト。

ゾクゾクと送り込まれる敵に立ち向かう、３人の最強ガンダム！
平和を守るため、戦え！　ガンダムフォース！