「カウボーイビバップ」の劇場版。ハロウィンを目前にした火星・アルバシティーの高速道路で爆発事故が起こった。生存した被害者たちも後に原因不明の死を遂げたことから、警察はバイオ兵器によるテロの可能性を示唆し、火星政府は犯人に巨額の懸賞金をかけると発表した。
　相変わらず貧乏なビバップ号クルーたちは勝手に犯人捜しを始め、それぞれ危険の深みにはまっていく。
　そんな中、疑惑の製薬会社に潜入したスパイクの前に立ちはだかる女性・エレクトラの腕には、ヴィンセントと同じ刺青があった。また一方で、フェイが別件で追っていたハッカーとヴィンセントの関係が浮かび上がる。ヴィンセントの居場所をつきとめたスパイクは、ヴィンセントとの一騎打ちに。 不死身にも見えるヴィンセントにスパイクは苦戦する。
　事件は解決しないまま、火星はハロウィンを迎える。犯人からの犯行声明が、街に陽気に流れる――。