“シティーハンター”は、冴羽獠と槇村香、二人組のプロのスイーパー。ボディーガードから殺しまでどんな依頼でも、一度引き受けたからにはパーフェクトにこなす。依頼方法は、新宿駅東口の伝言板に自分の連絡先と「ＸＹＺ」と書くこと。これは後が無いという意味なのだ。今日もシティーハンターは、ライバルの海坊主や刑事の野上冴子などとともに、法では裁けない悪に立ち向かい、新宿の街で大活躍するのだった。
　ある日、奇妙な依頼が入る。それは、現在来日中のガイナム共和国の大統領候補マクガイアをガードしているシークレットサービスの新庄安奈をガードして欲しいというものだった。
　実は彼女はマクガイアの娘なのだ。そして、彼女を狙うのは、かつてマクガイアが反政府活動をしていたときの元同志。現在は麻薬組織のボスとなり、マクガイアを失脚させようと企むゴンザレスという男だった。母を死なせた責任は父にあると、複雑な心境で任務についていた安奈は、獠や冴子にフォローされながら、少しずつ素直に父と向かい合えるようになっていく。
　しかしマクガイアと安奈は、マクガイアの秘書であるローザの手引きによって、ゴンザレスに捕らえられてしまう。