C.E.71、地球連合軍とザフトの戦争は混迷の度合いを深めていた。中立のコロニーヘリオポリスで暮らすコーディネイターの少年キラは、ザフトのクルーゼ隊による連合軍新型ＭＳ奪取作戦に巻きこまれ、混乱の中で仲間を守るため、ストライクガンダムのコクピットに着き戦うことになる。さらにクルーゼ隊の一員となっていたかつての親友アスランと再会し心を乱されたキラは仲間たちと共に、同じく連合軍が極秘裏に開発していた新型戦艦アークエンジェルで崩壊するヘリオポリスを後にする。
　地球のアラスカ基地行きを命じられた、アークエンジェルとストライクは、コーディネイターの歌姫ラクスとの出会いや、宇宙空間でクルーゼ隊のガンダムや艦隊との熾烈な戦闘など、様々なドラマと苦悩と危険に満ちた航海の末、地球への降下を試みる。

サブタイトル一覧

PHASE-０１「偽りの平和」
PHASE-０２「その名はガンダム」
PHASE-０３「崩壊の大地」
PHASE-０４「サイレントラン」
PHASE-０５「フェイズシフトダウン」
PHASE-０６「消えるガンダム」
PHASE-０７「宇宙の傷跡」
PHASE-０８「敵軍の歌姫」
PHASE-０９「消えていく光」
PHASE-１０「分かれた道」
PHASE-１１「目覚める刃」
PHASE-１２「フレイの選択」
PHASE-１３「宇宙(そら)に降る星」
PHASE-１４「果てしなき時の中で」
PHASE-１５「それぞれの孤独」
PHASE-１６「燃える砂塵」
PHASE-１７「カガリ再び」
PHASE-１８「ペイバック」
PHASE-１９「宿敵の牙」
PHASE-２０「おだやかな日に」
PHASE-２１「砂塵の果て」
PHASE-２２「紅に染まる海」
PHASE-２３「運命の出会い」
PHASE-２４「二人だけの戦争」
PHASE-２５「平和の国」
PHASE-２６「モーメント」
PHASE-２７「果てなき輪舞（ロンド）」
PHASE-２８「キラ」
PHASE-２９「さだめの楔」
PHASE-３０「閃光の刻」
PHASE-３１「慟哭の空」
PHASE-３２「約束の地に」
PHASE-３３「闇の胎動」
PHASE-３４「まなざしの先」
PHASE-３５「舞い降りる剣（つるぎ）」
PHASE-３６「正義の名のもとに」
PHASE-３７「神のいかずち」
PHASE-３８「決意の砲火」
PHASE-３９「アスラン」
PHASE-４０「暁の宇宙へ（そらへ）」
PHASE-４１「ゆれる世界」
PHASE-４２「ラクス出撃」
PHASE-４３「立ちはだかるもの」
PHASE-４４「螺旋の邂逅」
PHASE-４５「開く扉」
PHASE-４６「たましいの場所」
PHASE-４７「悪夢は再び」
PHASE-４８「怒りの日」
PHASE-４９「終末の光」
PHASE-５０「終わらない明日へ」