C.E.70・・・。「血のバレンタイン」の悲劇によって本格的な武力衝突へと発展したザフト・地球連合軍の戦いは熾烈を極め、多大な犠牲を払いながら第２次ヤキン・ドゥーエ攻防戦ののちに停戦条約が締結された。しかしこの停戦によってナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。
　その戦乱の中、シン・アスカは地球連合軍のオーブ進行に巻き込まれ、戦火を逃れる最中に眼前で両親と妹を失う。唯一の形見、妹の携帯電話を握り締め悲しみにくれる中、頭上をこの戦争の元凶である「モビルスーツガンダム」が飛び去っていく。失意のうちにオーブを去った彼はプラントへと渡る。
　そしてＣ．Ｅ．７３彼はザフトの戦士となっていた。

サブタイトル一覧

PHASE-01「怒れる瞳」 　
PHASE-02「 戦いを呼ぶもの 」 　
PHASE-03「 予兆の砲火 」 　
PHASE-04「 星屑の戦場 」 　
PHASE-05「 癒えぬ傷痕 」 　
PHASE-06「 世界の終わる時 」 　
PHASE-07「 混迷の大地 」 　
PHASE-08「 ジャンクション 」 　
PHASE-09「 驕れる牙 」 　
PHASE-10「 父の呪縛 」 　
PHASE-11「 選びし道 」 　
PHASE-12「 血に染まる海 」 　
PHASE-13「 よみがえる翼 」 　
PHASE-14「 明日への出航 」 　
PHASE-15「 戦場への帰還 」 　
PHASE-16「 インド洋の死闘 」 　
PHASE-17「 戦士の条件 」 　
PHASE-18「 ローエングリンを討て 」 　
PHASE-19「 見えない真実 」 　
PHASE-20「 PAST 」 　
PHASE-21「 さまよう眸 」 　
PHASE-22「 蒼天の剣 」 　
PHASE-23「 戦火の蔭 」 　
PHASE-24「 すれ違う視線 」 　
PHASE-25「 罪の在処（ありか） 」 　
PHASE-26「 約束」 　
PHASE-27「 届かぬ想い 」 　
PHASE-28「 残る命散る命 」 　
PHASE-29「 FATES 」 　
PHASE-30「 刹那の夢」 　
PHASE-31「 明けない夜 」 　
PHASE-32「 ステラ 」 　
PHASE-33「 示される世界 」 　
PHASE-34「 悪夢」 　
PHASE-35「 混沌の先に」 　
PHASE-36「 アスラン脱走」 　
PHASE-37「 雷鳴の闇」 　
PHASE-38「 新しき旗」 　
PHASE-39「 天空のキラ」 　
PHASE-40「 黄金の意志」 　
PHASE-41「 リフレイン」 　
PHASE-42「 自由と正義と」 　
PHASE-43「 反撃の声」 　
PHASE-44「 二人のラクス」 　
PHASE-45「 変革の序曲」 　
PHASE-46「 真実の歌」 　
PHASE-47「 ミーア」 　
PHASE-48「 新世界へ」 　
PHASE-49「 レイ」 　
PHASE-50「 最後の力」