U.C.0079、地球圏はのちに“一年戦争”と呼ばれる戦いの只中にあっ た。地球連邦軍の若き少尉、シロー・アマダは、地球へ赴任する途中で ジオン軍の女パイロット、アイナ・サハリンと戦場で出会う。敵同士で ありながらも惹かれあうシローとアイナ。しかし、ふたりはそれぞれの 立場に縛られ、お互いの居るべき場所へと戻った。
　地上のコジマ大隊に着任したシローは、第08MS小隊の隊長となる。反 抗的な隊員との軋轢や、慣れない環境での苛酷な任務。さまざまな困難 がシローを襲う。しかし、それらの障害を乗り越え、隊員の信頼厚い小 隊長へと成長していくシロー。一方、アイナは兄ギニアス・サハリンを 助けるために、地球へと降り立っていた。兄が開発する秘密兵器アプサ ラスのパイロットとして、戦場に身を投じるアイナ。
　宇宙で途切れたふ たりの絆を、戦争という非情な現実が結びつけようとしていた。

サブタイトル一覧

第１話「二人だけの戦争」
第２話「密林のガンダム」
第３話「信頼への限界時間（タイムリミット）」
第４話「頭上の悪魔」
第５話「破られた待機命令」
第６話「熱砂戦線
第７話「再会」
第８話「軍務と理想
第９話「最前線」
第１０話「震える山（前編）」
第１１話「震える山（後編）」