突如現れた宇宙大魔王が永遠の生命を手に入れるため人々の命を奪っていった。これと戦うヒーローを呼び出そうとする博士。呼び出されたのは武者ガンダム、騎士ガンダム、コマンドガンダムの３人だ。ガンダムたちは博士の娘プリンと共に宇宙大魔王と戦う。