地球滅亡のカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂はそれぞれの想いを胸にひた走る。
だが彼らの前に立ちはだかったのは、あまりにも哀しい絆を持つ人物……銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽とは別の人格、虚（うつろ）だった――。
最後にして最大の敵・虚は、自らの命を終わらせるため、地球を丸ごと道連れにしようとしていた。
虚の野望を阻止し、師匠・松陽の悲願を胸に戦い続ける銀時たちを援護するため、新八、神楽、真選組、かぶき町の面々、かつてのライバルたちまでもが参戦する！
巨大化してゆく虚の力。己の命をかけて対峙する高杉。
ぼろぼろになった銀時が最後に見たものとは…！銀時は果たして、すべてを終わらせることができるのか…！