一年戦争が終結して八ヶ月後の地球。
　極秘任務「サンダーボルト作戦」を指揮するモニカ・ハンフリー大佐は、アトラスガンダムのパイロットにイオを抜擢し、強襲揚陸艦スパルタンに座乗して連邦内の軍閥『南洋同盟』の支配地域へ進軍する。南洋同盟が入手したというサイコ・ザクのデータを確保、または破壊するのが、その目的だ。イオとの死闘を制したダリルは、ジオン残党軍の一員として地球にいた。彼もまた、サイコ・ザクの情報を得るための諜報任務に就いていたのだ。
　新たな仲間と共に戦うイオの前には、南洋同盟守備隊隊長を名乗るペール中佐が立ち塞がる。海中で、氷原で、密林で繰り広げられる、ジオン、連邦、南洋同盟、三つ巴のモビルスーツ戦。戦争はまだ、終わってはいなかった――。