宇宙世紀0096年後半、「サイコフレーム」の存在に脅威を感じた地球連邦政府は、直轄の情報部に所属するメーメット・メルカ中尉に特殊部隊「マスティマ」を編成させ、地球圏を漂う小惑星「アクシズ」の分断された片側に潜入・調査という重要な指令を下す。
メーメットと同行する調査隊のメンバー内には、かつてのジオン公国とネオ・ジオンで、技術者とテストパイロットだったアルレット・アルマージュとダントン・ハイレッグという二人の民間人が加わっていた。
アクシズに潜入した調査隊は、誰もいないはずの基地内で私兵集団「バーナム」の新型「ガンダム」らの強襲を受け、ダントンとアルレットはかつて開発に関わっていた赤い「ザクⅢ改」で応戦するも、様々な危機的局面に遭遇する。
その中で、アルレットはある「想い」を胸に秘め、アクシズの表面に取り残されたサザビーの残骸に向かうのだった…。