2054年、人類は突如地球に飛来した巨大なエイリアンと交戦状態に陥り、地球は深刻なダメージを被った。その後も断続的に飛来するエイリアンに対抗すべく、国連政府は地球防衛のため軍を再編、対エイリアン特殊部隊“フューネラル”を組織しその迎撃に当たらせた。
　2059年、ユニバーサル大学の学生タクトは、ここ数日所在が不明だった恋人・マキから謎のメールを受け取り、発信元を辿るうちに、マキが師事する生物工学の権威、ノグチ博士の研究施設“モルグ”へと導かれる。そこでノグチ博士は、エイリアンのパーツを繋ぎ合せ、“フランク”と名付けた金属生命体を復元する実験を進めていたのだった。タクトはマキと共に実験に参加することになったが、突如フランクは覚醒し暴れだすと、モルグを瓦礫と化し逃走してしまう。この時、マキとノグチ博士は命を落とし、タクトもまた重傷を負ってしまった。
　モルグを後にしたフランクは、森を散策していた少女ハティと出会う。何かの絆で互いに惹かれあい心を通わせていく二人は、フューネラルに収容された。
　軍病院に収容されたタクトに、フランクへの復讐を囁く謎の男Mr.X。タクトはその言葉に従い、“リウ・ソーマ”という新たな名前でフューネラルに入隊し、隙あらば実践配備されたフランクを破壊しようと画策する。しかし、共同作戦を続けていくうちに、リウの中にはフランクに対しほのかな友情が芽生え始める。そして…。

サブタイトル一覧

Phase:０１「再生と死と」
Phase:０２「死と少女と」
Phase:０３「少女と出会と」
Phase:０４「出会と憎悪と」
Phase:０５「憎悪と争いと」
Phase:０６「争いと逃避と」
Phase:０７「逃避と追憶と」
Phase:０８「追憶と孤独と」
Phase:０９「孤独と哀と」
Phase:１０「哀と殺意と」
Phase:１１「殺意と裏切りと」
Phase:１２「裏切りと絶望と」
Phase:１３「絶望と希望と」
Phase:１５「混沌と葛藤と」
Phase:１６「葛藤と決意と」
Phase:１７「決意と過去と」
Phase:１８「過去と大罪と」
Phase:１９「大罪と戒と」
Phase:２０「戒と覚醒と」
Phase:２１「覚醒と真実と」
Phase:２２「真実と破滅と」
Phase:２３「破滅と勇気と」
Phase:２４「勇気と愛と」
Phase:２５「愛と再生と…」
Phase:ＥＸ「孤独（ひとり）と孤独（ひとり）」（８話と９話の間に入る未放映エピソード）