先の戦闘で気を失ったルルーシュ。目覚めると、銃が奪われ何者かの血痕だけが残されていた。シャーリーに正体を知られたのではないかと疑うルルーシュ。シャーリーの後を追い、C.C.とともにナリタへと向かう。もしシャーリーに正体を知られていたら、どう始末をつけるのかとC.C.に問いかけられるが、ルルーシュはその答えを持たなかった。その頃、シャーリーはナリタで、マオという謎の男に出会う。シャーリーの胸の内を全て知り尽くしているかのようなマオ。シャーリーが、ルルーシュを守るため銃で人を撃ったことも知っていた。彼はギアス能力者だった。マオに言いくるめられたシャーリーは、罪を償うためにルルーシュとともに死を選ぼうとする。自分の思考を全て読むギアス能力者を相手に、ルルーシュはなす術がない。C.C.はかつて自分がギアスの能力を与えた男、マオと対峙し、ルルーシュは、全ての真相を知ってしまったシャーリーと別れの決断をする。