アッシュフォード学園に枢木スザクが転入してきた。クラスメイトとしてルルーシュと再会を果たすことができたスザク。だが、ブリタニア人のクラスメイトたちはスザクを歓迎しなかった。イレヴンでクロヴィス皇子殺害の容疑者でもあった彼に、クラスメイトたちは嫌悪感を顕にする。 　その頃、ルルーシュの身に一大事が起きる。自室に隠し持っていたゼロの仮面を奪われてしまったのだ。このままでは、自分の正体を知られてしまうと犯人を追うルルーシュ。ミレイたち生徒会メンバーは、ルルーシュが大事な物を奪われたと知って、全校生徒に犯人を見つけ出すよう命じる。報酬はなんと、生徒会メンバーのキス！我先にと犯人探しをする生徒たち。大騒動の中、ルルーシュは必死に仮面を奪い返そうとする。その意外な犯人とは――。