大ぼうけんの舞台は、その昔、海賊がたくさんのおたからを隠したという伝説の山、ガパール山。
なぞのトレジャー・ハンター、ゾロンド・ロンより先にお宝を手に入れるため、山のふもとのガパパ村を訪れたゾロリとその子分イシシ、ノシシだったが、村では子どもたちの間で謎の伝染病“しましま病”が大流行していた！
その病気を治すためには、ガパール山にある【パープルストーン】と【ぴっかりごけ】が必要なことを知ったゾロリは、
1.お宝をゲット！
2.子どもの病気を治してみんなのヒーローに！
3.そして村で出会った美少女アリウスのハートもゲット！
という大きな野望（!?）を抱き、村で出会った仲間とともにいざ、ガパール山へと出発する！
そこで待ち受ける冒険は・・・山へと続く橋でのアッと驚く大トラブルや、トレジャー・ハンターとのお宝争奪バトル、強敵・大グモとの決死の戦い、薬の材料を持ち帰るためのおなら大作戦・・・など大ピンチの連続＆強敵たちとのアドベンチャーが目白押し！ついには荒野の砂漠を越え、たどり着いた“秘密の工場”で、子どもたちを救うためのゾロリ史上最大のミッションが決行される！
ゾロリの行く手を阻もうとする者との壮絶な戦いを交えながら、果たしてゾロリは仲間たちと力をあわせ、子どもたちを救いだすことができるのか？