2006年、夏。５年生の尾崎竜平は、父親の昇平が小学生のときに書いた「大東京探検記」というノートを見つける。そこで竜平はチャット仲間の俊と義雄を誘って、新しく探検隊を結成。夏休みのある日、勝手についてきた弟のサスケを加えた４人で、地図に記された秘密の宝物をめざして、マンホールから地下に降りる。やがて少年たちは地下で暮らす又吉と偶然出会い、誰もいないと思われた世界に怪しげで、しかし気のいいオトナが数多く住み着いていることを知る。子どもたちは住人に歓迎されるが、それで何かのタガが外れたのか、旧日本陸軍の生き残りと称する山下老人や、義雄のいとこの桃代までも巻き込んで、居住地は過激派の繰り出す火炎瓶と38歩兵銃の銃弾が飛び交う戦場となる。果たして、地下に隠された“日本の宝”の正体とは――？
　大友克洋の短編マンガ「SOS大東京探検隊」（初出「マンガ少年」1980年4月号/朝日ソノラマ）を原作に、当時描かれなかったアイデアを盛り込んで大胆にアレンジした続編。