時は戦国、頑駄無（がんだむ）軍団と闇軍団の戦いは続いていた。互いに全国土の約半分ずつを掌握し、あとは樅の木ヶ原を残すのみ。
　その樅の木ヶ原に三百三十三年に一度現れるという幻の城・暴終空（あばおわくう）城の天守閣に自軍の鯱誇を掲げれば天下が取れるという。
　暴終空城の出現を待たずして戦が始まり、頑駄無軍団の鯱誇を奪う我頭右（がずある）、我頭左（がずえる）たち。それを取り返そうとする百士貴（ひゃくしき）、百鬼丸。
さらに洗脳マスクを付けられた頑駄無軍団の斎胡が、闇軍団員となって仲間を襲う。その激しい戦いの中、ついに暴終空城が出現！
「機動戦士SDガンダムの逆襲　嵐を呼ぶ学園祭」、「機動警察パトレイバー」と併映