宇宙世紀 0087 年、地球連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と、反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦は続いていた。エゥーゴに身を投じたカミーユは地球降下作戦後、エゥーゴの支援組織「カラバ」のハヤト・コバヤシらと接触。ティターンズの追撃をかわしつつ、再び宇宙へと還る機会をうかがっていた。
　そんな折り補給のために立ち寄ったニューホンコンで、カミーユは、神秘的な少女フォウと運命的な出会いをする。だが、フォウはティターンズの強化人間。禁じられた二人の出会いは、カミーユの心を愛と苦悩に引き裂く。哀しみに満ちた戦いの果て、フォウは決死の覚悟で、カミーユを宇宙へと送り出す。
　宇宙へと戻ったカミーユを待ち受ける激しさを増した戦場と、新型モビルスーツ“Ｚ（ゼータ）ガンダム”だった。非道なコロニー落とし作戦や月面都市への爆弾テロなど、激しさを増すティターンズの戦法。そして大きく変転を始める政治状況。エゥーゴは指導者ブレックス准将を暗殺で失い、一方ティターンズ内部では木星帰りの男シロッコが勢力を拡大しつつあった……。
そして、ついに動きを見せ始める第三勢力――それは旧ジオン軍の残党、アクシズだった。カミーユの新たな力、Ｚガンダムが、混迷の戦場を切り裂いて飛ぶ！