「星界」シリーズ第２弾。遥か遠い未来、人類が宇宙に幾千の星間国家を形成し、幾多の種族が生きる時代。遺伝子操作によって宇宙空間に最も適する身体を得た“アーヴ”と呼ばれる種族は、宇宙の半分を支配する強大な国家「アーヴによる人類帝国」を築いていた。これに対し、「人類統合体」を中心とする他の星間国家は連合を組み、劣勢を挽回しようと戦争を仕掛けてきた。

地上人でありながらアーヴ貴族となった少年ジント・リンは、星界軍の修技館生活を終えて翔士となり、突撃艦“バースロイル”に配属される。その艦長は、３年前、人類統合体との戦乱の中で逃避行を共にし、深い絆を結んだ相手、アーヴ皇帝の孫娘であるラフィール十翔長。ふたりは逃避行のうちにやむをえず殺すこととなったフェブダーシュ男爵の妹アトスリアを直属の上官として、敵軍の喉元“アプティック門”を舞台に初陣に挑む。

繰り返される激戦のなか、星界軍は多くの仲間を失いながらもついに敵艦隊を後退にまで追いつめる。だがその寸前でバースロイルが大破。部下を退避させたラフィールは、爆散直前の艦に取り残されたジントを救いに身ひとつで艦内に飛び込んでいく。

危機をともに乗り越え、初陣を飾った二人。だがその前にはさらなる戦いの宇宙がひろがるのだった。

「星界の戦旗」に新作カットを加え、「星界の戦旗II」の放映に先立ちノンスクランブルで放映された総集編。（尺：120分）