22世紀初頭。人類はその居住地域を太陽系全体へと広げ、各惑星圏は経済的に独立した地域として繁栄していた。だが、ある時、突如として太陽を中心に発生したプラズマの嵐によって、太陽系の半分は魔の海 ”ゲドゥルト・フェノーメン”（ゲドゥルトの海）に呑み込まれ、人類の多くが死滅した…。
それから約80年後、復興を成し遂げた人類は、太陽系全ての星へ進出していたが、ゲドゥルトの海は膨張を続けており、それに対する解決策はまだ見つけられないでいた…。
西暦2225年、航宙資格教程の訓練用ステーション”リーベ・デルタ”で16歳の少年、相葉昴治は弟の祐希や幼なじみのあおいたち仲間たちと教習を受けていた。
ある日、”リーベ・デルタ”がエネルギー補給のためゲドゥルトの海に降下した。
その時事件は起きた。
突然、”リーベ・デルタ”が制御を失い、ゲドゥルトの海へ沈没し始めたのだ！
生死に追いつめられたアイヴァとその仲間の少年たちは、脱出を図ろうと奔走していたとき、見たこともない可潜艦”リヴァイアス号”を発見した…。