式根島から離れた孤島、神根島。そこで目を覚ましたスザクは、カレンと遭遇する。黒の騎士団メンバーであることを知られたカレンは、スザクに襲い掛かる。スザクは、自分が過去に犯した罪を明らかにし、カレンに説得を試みる。一方、同じように神根島に漂着したルルーシュは、そこでユーフェミアに出会う。ゼロの仮面をつけていながら、正体を看破されるルルーシュ。幼い頃から知り合いだった二人は、束の間、身分を越えた会話を交わす。その頃、シュナイゼル率いるブリタニアの部隊が神根島の洞窟で、ある研究に従事していた。その明かりに導かれ、鉢合わせるルルーシュとスザクたち。ルルーシュはユーフェミアを人質に逃走を企てるが、同時に起きた洞窟の崩壊に巻き込まれる。ブリタニア軍の新型ネイトメアー、ガウェインを強奪し脱出する。そして、スザクは、身に覚えのない反逆の罪でブリタニア軍に拘束される。