第三皇子クロヴィスと対峙するルルーシュ。二人は血の繋がった兄弟であるという。明らかになるルルーシュの過去。ルルーシュはもとブリタニア帝国第十一皇子。皇室にいた頃、母親が何者かによって殺害され、ルルーシュは足を負傷し視力を失ったナナリーとともにエリア11に移り住むこととなった。少女から与えられたギアスの力を使い、首謀者の名を問うルルーシュ。そして実の兄であるクロヴィスに銃口を向ける。 　アッシュフォード学園は、シンジュクゲットーで起きた事件とは無縁に平穏だった。学園に戻ったルルーシュは、そこでテロリストの一味であるカレンと対面する。カレンは、ルルーシュを先の戦闘で自分たちを導いた声の主であると疑う。自分の正体を知られているのではないかと、探り合う二人。その頃、クロヴィス皇子殺害の報道が流れる。犯人として捕らえられたのは、枢木スザクだった。