ブリタニア帝国との大戦に敗れ、その属領となった日本。国名が奪われ、エリア11と呼ばれるようになってから7年の時が流れた。 　ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、無為な日々を過ごしていた。大戦の最中に負った心の傷は、ブリタニア人でありながら彼にブリタニアへの憎しみを芽生えさせていた。だが、彼は具体的に行動を起こす術を持たない。特技である賭け事でブリタニア人を負かすことくらいしか、発散の仕方を知らなかった。そんなある日転機が訪れる。テロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、シンジュクゲットーの旧地下鉄構内に連れて行かれたルルーシュは、旧友である枢木スザクに出会う。イレヴンだが名誉ブリタニア人という身分を与えられ、ブリタニア軍に所属するスザク。だが、二人の前にある少女が現れて悲劇が起きた。ブリタニア軍から少女とルルーシュを庇おうとしたスザクが、銃で撃たれてしまったのだ。悲嘆に暮れるルルーシュに少女はある力を与える。それは、人を操ることができる能力だった。